Особенность данной магистерской программы в том, что она объединяет программистов и физиков, поэтому нет возможности создать четкий план обучения, единый для всех. Эта проблема решается созданием индивидуальных гибких учебных планов. Учебный план определяется научным руководителем.
Остальные курсы выбираются научным руководителем и согласуются с руководством программы. Для выбора курсов можно воспользоваться списком рекомендованных курсов или выбрать любой другой курс, который читается в МФТИ (и, возможно, в партнерских вузах).