fixes to grind and numass
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8cc6d0365f
commit
cb1951babd
@ -15,20 +15,14 @@
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*/
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package inr.numass.scripts
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import hep.dataforge.fitting.ParamSet
|
||||
import hep.dataforge.maths.integration.RiemanIntegrator
|
||||
import hep.dataforge.maths.integration.UnivariateIntegrator
|
||||
import hep.dataforge.plots.PlotFrame
|
||||
import hep.dataforge.plots.data.PlottableXYFunction
|
||||
import hep.dataforge.plots.jfreechart.JFreeChartFrame
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.ParamSet
|
||||
import inr.numass.models.LossCalculator
|
||||
import org.apache.commons.math3.analysis.UnivariateFunction
|
||||
import org.apache.commons.math3.analysis.solvers.BisectionSolver
|
||||
import inr.numass.models.LossCalculator
|
||||
import inr.numass.models.ResolutionFunction
|
||||
import inr.numass.Numass
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||||
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||||
ParamSet params = new ParamSet()
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.setParValue("exPos", 12.76)
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||||
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@ -17,7 +17,7 @@ package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.context.Context
|
||||
import hep.dataforge.data.DataNode
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitTaskResult
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.FitTaskResult
|
||||
import inr.numass.Main
|
||||
import inr.numass.Numass
|
||||
|
||||
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@ -13,31 +13,23 @@
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||||
* See the License for the specific language governing permissions and
|
||||
* limitations under the License.
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||||
*/
|
||||
package inr.numass.scripts;
|
||||
package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext;
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitManager;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitState;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.MINUITPlugin
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.models.XYModel;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.likelihood.BayesianManager
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.FitManager
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.FitState
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.MINUITPlugin
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.ParamSet
|
||||
import hep.dataforge.stat.models.XYModel
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter
|
||||
import inr.numass.models.BetaSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum;
|
||||
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.RangedNamedSetSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.BetaSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ResolutionFunction
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||||
import static inr.numass.utils.OldDataReader.readData;
|
||||
import java.io.File;
|
||||
import java.io.PrintWriter;
|
||||
import java.util.Locale;
|
||||
import org.apache.commons.math3.analysis.BivariateFunction
|
||||
import inr.numass.models.ResolutionFunction
|
||||
|
||||
import static inr.numass.utils.OldDataReader.readData
|
||||
|
||||
PrintWriter out = GlobalContext.out();
|
||||
Locale.setDefault(Locale.US);
|
||||
|
@ -13,26 +13,23 @@
|
||||
* See the License for the specific language governing permissions and
|
||||
* limitations under the License.
|
||||
*/
|
||||
package inr.numass.scripts;
|
||||
package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext;
|
||||
import static hep.dataforge.context.GlobalContext.out;
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitManager;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitState;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitTask;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.models.XYModel;
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.NamingException;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator;
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.FitManager
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.FitState
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.ParamSet
|
||||
import hep.dataforge.stat.models.XYModel
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator
|
||||
import inr.numass.models.BetaSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum;
|
||||
import inr.numass.utils.DataModelUtils;
|
||||
import java.io.FileNotFoundException;
|
||||
import java.util.Locale;
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault;
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum
|
||||
import inr.numass.utils.DataModelUtils
|
||||
|
||||
import static hep.dataforge.context.GlobalContext.out
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault
|
||||
|
||||
/**
|
||||
*
|
||||
|
@ -17,7 +17,7 @@ package inr.numass.scripts;
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.meta.MetaBuilder;
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet;
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.ParamSet;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumInformation;
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.BetaSpectrum;
|
||||
|
@ -13,32 +13,21 @@
|
||||
* See the License for the specific language governing permissions and
|
||||
* limitations under the License.
|
||||
*/
|
||||
package inr.numass.scripts;
|
||||
package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext;
|
||||
import static hep.dataforge.context.GlobalContext.out;
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitManager;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitState;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitTask;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.MINUITPlugin
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.models.XYModel;
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.NamingException;
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.PackFormatException;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator;
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.*
|
||||
import hep.dataforge.stat.models.XYModel
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator
|
||||
import inr.numass.models.BetaSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum;
|
||||
import inr.numass.utils.DataModelUtils;
|
||||
import hep.dataforge.plotfit.PlotFitResultAction;
|
||||
import java.io.FileNotFoundException;
|
||||
import java.util.Locale;
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault;
|
||||
import inr.numass.utils.TritiumUtils;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter;
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum
|
||||
import inr.numass.utils.DataModelUtils
|
||||
import inr.numass.utils.TritiumUtils
|
||||
|
||||
import static hep.dataforge.context.GlobalContext.out
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault
|
||||
|
||||
/**
|
||||
*
|
||||
|
@ -13,22 +13,18 @@
|
||||
* See the License for the specific language governing permissions and
|
||||
* limitations under the License.
|
||||
*/
|
||||
package inr.numass.scripts;
|
||||
package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitManager;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.models.XYModel;
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.NamingException;
|
||||
import hep.dataforge.io.FittingIOUtils;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter;
|
||||
import inr.numass.models.GunSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum;
|
||||
import java.io.FileNotFoundException;
|
||||
import java.io.PrintWriter;
|
||||
import java.util.Locale;
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault;
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.FitManager
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.ParamSet
|
||||
import hep.dataforge.stat.models.XYModel
|
||||
import hep.dataforge.io.FittingIOUtils
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter
|
||||
import inr.numass.models.GunSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum
|
||||
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault
|
||||
|
||||
setDefault(Locale.US);
|
||||
GlobalContext global = GlobalContext.instance();
|
||||
|
@ -13,37 +13,20 @@
|
||||
* See the License for the specific language governing permissions and
|
||||
* limitations under the License.
|
||||
*/
|
||||
package inr.numass.scripts;
|
||||
package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext;
|
||||
import static hep.dataforge.context.GlobalContext.out;
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitManager;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitState;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitTask;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.MINUITPlugin
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.models.XYModel;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.parametric.ParametricFunction
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.NamingException;
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.PackFormatException;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator;
|
||||
import inr.numass.models.BetaSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.sterile.SterileNeutrinoSpectrum
|
||||
import inr.numass.utils.DataModelUtils;
|
||||
import hep.dataforge.plotfit.PlotFitResultAction;
|
||||
import java.io.FileNotFoundException;
|
||||
import java.util.Locale;
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault;
|
||||
import inr.numass.utils.TritiumUtils;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter;
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext
|
||||
import hep.dataforge.grind.GrindMetaBuilder
|
||||
import hep.dataforge.io.FittingIOUtils
|
||||
import hep.dataforge.meta.Meta
|
||||
import hep.dataforge.grind.GrindMetaBuilder
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.ParamSet
|
||||
import hep.dataforge.stat.models.XYModel
|
||||
import hep.dataforge.stat.parametric.ParametricFunction
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.sterile.SterileNeutrinoSpectrum
|
||||
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault
|
||||
|
||||
/**
|
||||
*
|
||||
|
@ -13,36 +13,21 @@
|
||||
* See the License for the specific language governing permissions and
|
||||
* limitations under the License.
|
||||
*/
|
||||
package inr.numass.scripts;
|
||||
package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext;
|
||||
import static hep.dataforge.context.GlobalContext.out;
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitManager;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitState;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitTask;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.MINUITPlugin
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.models.XYModel;
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.NamingException;
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.PackFormatException;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator;
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.*
|
||||
import hep.dataforge.stat.models.XYModel
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator
|
||||
import inr.numass.models.BetaSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ResolutionFunction
|
||||
import inr.numass.utils.DataModelUtils;
|
||||
import hep.dataforge.plotfit.PlotFitResultAction;
|
||||
import hep.dataforge.plots.PlotFrame
|
||||
import hep.dataforge.plots.data.PlottableXYFunction
|
||||
import hep.dataforge.plots.jfreechart.JFreeChartFrame
|
||||
import java.io.FileNotFoundException;
|
||||
import java.util.Locale;
|
||||
import org.apache.commons.math3.analysis.BivariateFunction
|
||||
import inr.numass.utils.DataModelUtils
|
||||
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault;
|
||||
import static hep.dataforge.context.GlobalContext.out
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault
|
||||
|
||||
/**
|
||||
*
|
||||
|
@ -13,36 +13,22 @@
|
||||
* See the License for the specific language governing permissions and
|
||||
* limitations under the License.
|
||||
*/
|
||||
package inr.numass.scripts;
|
||||
package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext;
|
||||
import static hep.dataforge.context.GlobalContext.out;
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitManager;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitState;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitTask;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.MINUITPlugin
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.models.XYModel;
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.NamingException;
|
||||
import hep.dataforge.exceptions.PackFormatException;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator;
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.*
|
||||
import hep.dataforge.stat.models.XYModel
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumDataAdapter
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator
|
||||
import inr.numass.models.BetaSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum;
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ResolutionFunction
|
||||
import inr.numass.utils.DataModelUtils;
|
||||
import hep.dataforge.plotfit.PlotFitResultAction;
|
||||
import hep.dataforge.plots.PlotFrame
|
||||
import hep.dataforge.plots.data.PlottableXYFunction
|
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import hep.dataforge.plots.jfreechart.JFreeChartFrame
|
||||
import java.io.FileNotFoundException;
|
||||
import java.util.Locale;
|
||||
import inr.numass.utils.DataModelUtils
|
||||
import org.apache.commons.math3.analysis.BivariateFunction
|
||||
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault;
|
||||
import static hep.dataforge.context.GlobalContext.out
|
||||
import static java.util.Locale.setDefault
|
||||
|
||||
/**
|
||||
*
|
||||
|
@ -22,7 +22,7 @@ import inr.numass.models.ExperimentalVariableLossSpectrum
|
||||
import org.apache.commons.math3.analysis.UnivariateFunction
|
||||
|
||||
import inr.numass.Numass
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.ParamSet
|
||||
import hep.dataforge.io.PrintFunction
|
||||
|
||||
|
||||
|
@ -0,0 +1,10 @@
|
||||
package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.grind.GrindLauncher
|
||||
|
||||
/**
|
||||
* Created by darksnake on 11-Aug-16.
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
new GrindLauncher().from { new File("D:\\Work\\Numass\\sterile2016\\workspace.groovy") }.runTask("numass.prepare", "fill_2")
|
@ -13,26 +13,23 @@
|
||||
* See the License for the specific language governing permissions and
|
||||
* limitations under the License.
|
||||
*/
|
||||
package inr.numass.scripts;
|
||||
package inr.numass.scripts
|
||||
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext;
|
||||
import hep.dataforge.data.DataSet;
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitManager;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.FitState;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.ParamSet;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.models.XYModel;
|
||||
import hep.dataforge.fitting.likelihood.BayesianManager
|
||||
import static hep.dataforge.maths.RandomUtils.setSeed;
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator;
|
||||
import hep.dataforge.context.GlobalContext
|
||||
import hep.dataforge.data.DataSet
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.FitManager
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.FitState
|
||||
import hep.dataforge.stat.fit.ParamSet
|
||||
import hep.dataforge.stat.likelihood.BayesianManager
|
||||
import hep.dataforge.stat.models.XYModel
|
||||
import hep.dataforge.tables.ListTable
|
||||
import inr.numass.data.SpectrumGenerator
|
||||
import inr.numass.models.BetaSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.ModularSpectrum
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum;
|
||||
import static inr.numass.utils.DataModelUtils.getUniformSpectrumConfiguration;
|
||||
import java.io.File;
|
||||
import java.io.FileNotFoundException;
|
||||
import java.io.PrintWriter;
|
||||
import inr.numass.models.NBkgSpectrum
|
||||
|
||||
import static hep.dataforge.maths.RandomUtils.setSeed
|
||||
import static inr.numass.utils.DataModelUtils.getUniformSpectrumConfiguration
|
||||
|
||||
PrintWriter out = GlobalContext.out();
|
||||
FitManager fm = new FitManager();
|
||||
|
@ -13,23 +13,25 @@ import hep.dataforge.data.DataTree;
|
||||
import hep.dataforge.meta.Meta;
|
||||
import hep.dataforge.meta.Template;
|
||||
import hep.dataforge.tables.Table;
|
||||
import hep.dataforge.tables.TransformTableAction;
|
||||
import hep.dataforge.workspace.GenericTask;
|
||||
import hep.dataforge.workspace.TaskModel;
|
||||
import hep.dataforge.workspace.TaskState;
|
||||
import inr.numass.actions.MergeDataAction;
|
||||
import inr.numass.actions.MonitorCorrectAction;
|
||||
import inr.numass.actions.PrepareDataAction;
|
||||
import inr.numass.actions.ReadNumassStorageAction;
|
||||
import inr.numass.storage.NumassData;
|
||||
|
||||
/**
|
||||
* Prepare data task
|
||||
*
|
||||
* Prepare data task
|
||||
*
|
||||
* @author Alexander Nozik
|
||||
*/
|
||||
public class NumassPrepareTask extends GenericTask {
|
||||
|
||||
/*
|
||||
<action type="readStorage" uri="file://D:\Work\Numass\data\2016_04\T2_data\">
|
||||
<action type="readStorage" uri="file://D:\Work\Numass\data\2016_04\T2_data\">
|
||||
<include pattern="Fill_2*"/>
|
||||
<exclude pattern="Fill_2_4_Empty*"/>
|
||||
<exclude pattern="Fill_2_1.set_1*"/>
|
||||
@ -54,20 +56,34 @@ public class NumassPrepareTask extends GenericTask {
|
||||
Meta prepareMeta = Template.compileTemplate(config.getNode("prepare"), config);
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||||
DataNode<Table> tables = runAction(new PrepareDataAction(), callback, context, data, prepareMeta);
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||||
state.setData("prepare", tables);
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||||
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||||
if (config.hasNode("monitor")) {
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||||
Meta monitorMeta = Template.compileTemplate(config.getNode("monitor"), config);
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||||
tables = runAction(new MonitorCorrectAction(), callback, context, tables, monitorMeta);
|
||||
state.setData("monitor", tables);
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||||
}
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||||
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||||
//merging if needed
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if (config.hasNode("merge")) {
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DataTree.Builder resultBuilder = DataTree.builder(Table.class);
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||||
tables.dataStream().forEach(pair -> resultBuilder.putData(pair.getKey(), pair.getValue()));
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||||
DataNode<Table> finalTables = tables;
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||||
config.getNodes("merge").forEach(mergeNode -> {
|
||||
Meta mergeMeta = Template.compileTemplate(mergeNode, config);
|
||||
DataNode<Table> mergeData = runAction(new MergeDataAction(), callback, context, tables, mergeMeta);
|
||||
DataNode<Table> mergeData = runAction(new MergeDataAction(), callback, context, finalTables, mergeMeta);
|
||||
mergeData.dataStream().forEach(pair -> {
|
||||
resultBuilder.putData("merge." + pair.getKey(), pair.getValue());
|
||||
});
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||||
});
|
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} else {
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state.finish(tables);
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||||
tables = resultBuilder.build();
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||||
}
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||||
if (config.hasNode("transform")) {
|
||||
Meta filterMeta = Template.compileTemplate(config.getNode("transform"), config);
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||||
tables = runAction(new TransformTableAction(), callback, context, tables, filterMeta);
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||||
}
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||||
state.finish(tables);
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return state;
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}
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